Madrasah Tsanawiyah Assakinah (MTs) adalah salah satu unit dari Madrasah Assakinah yang berdiri pada tahun 2009. Madrasah Tsanawiyah merupakan jenjang Pendidikan di Indonesia yang setara dengan Sekolah Menengah Pertama, pengelolaannya dilakukan oleh Kementerian Agama. Sistem pembelajaran di MTs Assakinah bertujuan untuk mewujudkan santri yang berakhlakul karimah, berprestasi dan berilmu serta menumbuhkan produktivitas dan integritas dalam komitmen organisasi berlandaskan nilai – nilai teladan akhlak Rasulullah SAW Shiddiq, Amanah, Tabligh dan Fathonah (SATF).Dilengkapi dengan sarana dan prasarana yang memadai serta tenaga pendidik yang kompeten dan berpengalaman, MTs Assakinah berhasil meraih akreditasi A.