Sistem pembelajaran di MTs Assakinah bertujuan untuk mewujudkan santri yang berprestasi maju dengan sistem dan kultur yang berdasarkan hukum, sosial etik dan religious. Kemudian menumbuhkan produktivitas dan integritas personal didalam komitmen organisasi sehingga dengan sistem dan pembiasaan pembelajaran tersebut, harapan untuk santi MTs Assakinah adalah santri mampu mendapatkan materi dan contoh perilaku yang baik dari guru dan lingkungan MTs Assakinah, mampu mendapatkan nilai ujian UN atau UAMBN, USBN dengan rata-rata diatas 7 dan santri bisa menyelesaikan tilawati menuju Quran.